ساختار شورا یک ساختار قانونی بوده و مصوب است؛ اگرچه شبهاتی از سوی برخی رسانه‌ها درباره ساختار شورا مطرح شده است، اما شورا دارای ساختار قانونی و مستند است . به گزارش اداره کل روابط عمومی شورای عالی امور ایرانیان خارج از کشور محمدشریف ملک‌زاده در جلسه هم‌اندیشی این شورا و انجمن‌های دوستی ایران و سایر کشورها درباره ساختار شورا اظهار کرد : ریاست این شورا بر عهده محمود احمدی‌نژاد، و جانشین آن اسفندیار رحیم مشایی است . تعدادی از وزارتخانه‌ها به عنوان اعضای شورا در این سیستم انجام وظیفه می‌کنند، همچنین کلیه مصوبات شورای عالی ایرانیان خارج از کشور مصوبه دولت است... دبیر کل شورای عالی امور ایرانیان خارج از کشور ادامه داد : در گذشته شورای عالی امور ایرانیان خارج از کشور در حیطه وزارت امور خارجه قرار داشت، اما اکنون با حکم ریاست جمهوری این نهاد در مجموعه ریاست جمهوری قرار گرفته است . این شورا چهار معاونت داشته و همچنین دارای 14 اداره کل است. در واقع در این ساختار مسائل به گونه‌ای برنامه‌ریزی می‌شود که در جهت نظارت برنامه‌ریزی و هماهنگی با ایرانیان خارج ازکشور انجام می‌شود. ملک زاده با بیان این‌که «شورا سعی کرده است که بوروکراسی خانمان‌سوز را از میان بردارد» افزود: در برخی از موارد این بوروکراسی می‌تواند یک تهدید باشد به همین دلیل تلاش می شود تا این بوروکراسی‌ها از میان شود. از سوی دیگر در تمام فرودگاه‌های بین‌المللی کشور مرکز رسیدگی به امور ایرانیان خارج از کشور تاسیس شده که آماده پاسخگویی و اطلاع‌رسانی است. وی همچنین با اشاره به تاسیس بانک اطلاعاتی ایرانیان خارج از کشور گفت : متاسفانه در 27 سال گذشته یک بانک اطلاعاتی جامع درباره ایرانیان مقیم خارج از کشور وجود نداشت و تعامل علمی و فرهنگی تخصصی انجام نشده بود، ایشان شورا را بلندگویی دانستند که به عنوان بلندگوی جمهوری اسلامی ایران در خارج از کشور عمل می‌کند. وی درباره تاسیس خانه ایرانیان گفت: خانه ایرانیان در خارج ازکشور یک فرصت طلایی و یک نهاد غیردولتی مردم نهاد است. اولین خانه ایرانیان در تاجیکستان تشکیل شده و قرار است تا پایان سال 10 تا 12 خانه ایرانیان در شهرهای لندن، پاریس، فرانکفورت، ونکور و شهرهای دیگر ایجاد شود. خانه ایرانیان می‌تواند مرجعی برای ایرانیان و شناسایی نخبگان باشد. دبیرکل شورای عالی ایرانیان خارج از کشور با انتقاد از اعلام مبلغ خرج شده در برخی رسانه ها برای همایش ایرانیان خارج از کشور عنوان کردند، ادامه داد: همه 1395 نفری که به این همایش بزرگ دعوت شده بودند متخصص بودند در واقع دستاورد این همایش آن‌قدر بزرگ بود که برنامه‌ریزی‌های زیادی انجام گرفت و در حال حاضر 380 نفر از بزرگترین متخصصان ایرانی مقیم خارج از کشور برای همکاری در داخل شناسایی شده اند .